Υπό την αυτόνομη μορφή του, το ΓΝΔ διοικείται από 5μελές Διοικητικό Συμβούλιο, στο οποίο συμμετέχουν ο Διοικητής, 2 εκπρόσωποι του προσωπικού του νοσοκομείου και 2 διορισμένα από τον Υπουργό Υγείας μέλη.