Το Γενικό Νοσοκομείο Διδυμοτείχου διοικείται από  επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, που διορίζεται για διετή θητεία (δύο έτη) με απόφαση του Υπουργού Υγείας (συνυπογράφει και ο αρμόδιος Υφυπουργός).

         Στο  Διοικητικό  Συμβούλιο  συμμετέχουν:

• Ο Διοικητής,
• Δύο (2) εκπρόσωποι της Κοινωνίας με τους αναπληρωτές τους,
• Δύο (2) εκπρόσωποι του προσωπικού (ένας ιατρός και ένας εργαζόμενος) με τους αναπληρωτές τους,
• Ένας (1) εκπρόσωπος του οικείου Ιατρικού Συλλόγου με τον αναπληρωτή του,
• Ένας (1) εκπρόσωπος της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας & Θράκης με τον Αναπληρωτή του.

         Ο Διοικητής στα καθήκοντά του αναπληρώνεται από τον Υποδιοικητή ή τον Αναπληρωτή Διοικητή και όπου αυτός δεν υπάρχει από τον Διευθυντή της Ιατρικής  Υπηρεσίας, ΕΝΩ, όταν κωλύεται από την άσκηση των καθηκόντων του ως Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου τον αναπληρώνει ο Αντιπρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου που ορίζεται με την ίδια απόφαση διορισμού του Διοικητικού Συμβουλίου.